Penjaminan mutu dilakukan melalui implementasi manajemen mutu terpadu yang melekat pada struktur organisasi yang berlaku di Unusida. Pimpinan Universitas bertanggung jawab atas terbentuknya organisasi mutu dan terlaksananya penjaminan mutu. Penjaminan mutu di Unusida mencakup penjaminan mutu akademik (pendidikan, penelitian, dan pengabdian masyarakat) dan non-akademik. Oleh karena itu organisasi mutu harus disesuaikan dengan ruang lingkup tersebut. Di tingkat universitas, penjaminan mutu menjadi tanggung jawab Rektor dan Senat Universitas, sedangkan pelaksanaan dan pengembangannya dilaksanakan oleh Lembaga Penjaminan Mutu dan Pengembangan Pembelajaran (LPMPP) . LPMPP berperan dalam merencanakan, mengkoordinasikan, melaksanakan, memantau, mengevaluasi, dan mengembangkan sistem penjaminan mutu internal guna mendukung peningkatan kualitas penyelengaraan tridarma perguruan tinggi.
Penekanan fungsi tiap level organisasi mutu seperti tersebut di atas berbeda, yaitu:
| 1. Tingkat Universitas | : fungsi manajemen mutu terpadu dan pengembangan pembelajaran |
| 2. Tingkat Fakultas | : fungsi penjaminan mutu |
| 3. Tingkat Program Studi | : fungsi pengendalian mutu |
Dalam melaksanakan tugas dan fungsinya LPMPP berkoordinasi dengan sekretaris pengembngan dan pengajaran, koordinator kurikulum MKU dan aswaja serta gugus penjaminan mutu (GPM) yang berada pada unit-unit akademik. Sinergi antrunit menjadi landasan dalam membangun budaya mutu yang kuat dan berkelanjutan di lingkungan UNUSIDA
LPMPP Universitas Nahdlatul Ulama Sidoarjo memiliki visi “Terwujudnya budaya mutu di lingkungan Universitas Nahdlatul Ulama Sidoarjo guna mendorong tercapainya visi Universitas Nahdlatul Ulama Sidoarjo”.
